Program realizowany jest od 2001 roku przez Fundację Partnerstwo dla Środowiska pod Honorowym Patronatem Ministerstwa Edukacji Narodowej oraz Ministerstwa Środowiska . 

Od 2007 roku należy do międzynarodowego Programu Eco-Schools prowadzonego przez Fundację Edukacji Ekologicznej – www.fee-international.org.

Działaniom społeczności lokalnej Program udziela zarówno wsparcia merytorycznego (warsztaty, konsultacje u lokalnych koordynatorów, publikacje, metodologia działań), jak i finansowego (konkursy, dotacje). Dajemy szansę na poprawienie jakości najbliższego otoczenia oraz wprowadzenie zmian korzystnych dla całej społeczności. Umożliwiamy promowanie doświadczeń i wymianę dobrych praktyk z zakresu działań na rzecz środowiska podejmowanych przez lokalne społeczności.

Nad jakością realizacji Programu w Polsce, oraz oceną szkolnych aplikacji o certyfikat Zielonej Flagi, czuwa Kapituła Programu Szkoły dla Ekorozwoju, w skład której wchodzą m.in. przedstawiciele Ministerstwa Edukacji, Ministerstwa Środowiska, firm i NGO zaangażowanych  w promowanie zrównoważonego rozwoju.